为华生物的普通Cy染料包括Cy3，Cy3.5，Cy5，Cy5.5，Cy7和Cy7.5发光特性和常见使用说明

    为华生物的普通Cy染料包括Cy3，Cy3.5，Cy5，Cy5.5，Cy7和Cy7.5。其中Cy3， Cy5和Cy7的发色团是indolenine，而Cy3.5， Cy5.5和Cy7.5的是Benzoindole。Benzoindole仅仅比indolenine多了个苯环，这多余的一个苯环让整个染料吸收峰和发射峰红移，从而让Cy染料系列覆盖更广泛的荧光谱图。Cy染料的结构几乎是对称的，为了让染料可标记，这其中的一个发色团上引伸出一个6碳链羧基来活化标记。

    普通Cy染料带一个正电荷，水溶性比较低。一般在缓冲溶液中标记生物分子时，常常需要加入有机溶液（一般5-20%的DMF或者DMSO）助溶。常规操作是将染料先溶于有机溶剂中，然后按比例加入到生物分子的水溶液中反应。反应完成后离心除去沉淀的染料，再透稀或者柱分离（HPLC，离子交换或者除盐柱）除去未反应的染料小分子。当然普通Cy染料也可以直接在有机溶剂中直接与有机小分子反应，标记小分子或者高分子材料，普通Cy染料也易溶于氯仿，甲醇，THF，乙腈等常规有机溶剂，非常适用有机合成反应。

    对于近红外染料Cy7和Cy7.5，市场上一般会有两种不同的结构，不同点一般在次甲基桥链上：直链次甲基桥链或者环己烯加固的桥链。前者是一种比较原始的，直接从ICG染料继承的结构，后者是优化的结构。和前者相比，后者利用环己烯结构固定次甲基桥链，结构更刚性更稳定，因此荧光量子产率提高了~20%，从而显影更灵敏。有一些文献讨论两种结构的毒性差别，据报道直链次甲基桥链Cy7和Cy7.5在小动物体内有非特异性和毒性，而桥链加固后的染料要好很多。

    所有的普通Cy染料有基本相同的斯托克位移（Stokes shift），大概15nm到20nm之间。这个位移足够大（其实比很多荧光染料的斯托克位移都大，比如BODIPY系列），绝大部分荧光仪器都可以将荧光信号从激发光中分辨出来。另外，溶剂和环境对普通Cy染料的荧光特性影响很小，让它们可以胜任很多条件下的显影任务，比如在低pH溶液或者脂溶性环境下都可以发出稳定的强荧光。

为华生物CY系列荧光染料的衍生材料有：
DOPE-CY5.5 二油酰磷脂酰乙醇胺-CY5.5

DOPE-PEG-CY5 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇CY5

DOPE-EPG-CY3 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY3

DOPE-EPG-CY7 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY7

DSG-PEG2000-CY7 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇 2000-CY7

DSG-PEG-CY5二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5

DSG-PEG-CY3 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY3

DSG-PEG-CY5.5 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5.5

PLGA-CY7 聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）CY7

PLGA-PEG-cy5 CY5-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

PLGA-PEG-CY7 CY7-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

DSPE-PEG-CY5/CY5.5/CY3/CY7/CY3.5

Cy5-PEG-Silane cy5-聚乙二醇-硅

叶酸-PEG-cy3

RB-PEG-多巴胺

CY5-PEG-多巴胺

CY5.5-PEG-COOH/nh2/mal/叠氮N3

CY3/CY5.5-PEG-Mal CY3/CY5.5-聚乙二醇-马来酰亚胺

CY5/CY5.5-PEG-OPSS CY5/CY5.5-聚乙二醇-巯基吡啶